Anleitung:

• Die Deutung des Fragmentierungs-Musters eines Massenspektrums bedarf nicht nur viel Fantasie, sondern auch großer Mühe mit dem Taschenrechner. Hier hilft diese Seite.
• Das Programm rechnet mit der exakten Masse des häufigsten Isotopes
• Masse soll:
  • Zuerst muss man im Spektrum überhaupt den M+0 Peak finden.
    Je nach Element ist das durch das Isotopen-Muster nämlich nicht der höchste, sondern oft der erste eines Musters.
    z.B. wird schon mit nur 4 Cl-Atomen der M+2 Peak höher, wie man hier sieht..
    Wenn man es aber z.B. mit Eisen zu tun hat, finden sich auch M-4, und M-2 Peaks, wie man hier sieht..
    Viel Spaß bei z.B. Kombinationen aus Fe, Cl und Br (siehe z.B. Fe2Cl2Br2)
• Formel
  • Hier kann man nicht nur ein Element, sondern auch ein ganzes Fragment wie t-But oder die Verbindung einsetzen.
    2xt-But lässt sich halt viel einfacher interpretieren als C₈H₁₈
    • Klammern, auch in mehreren Ebenen, werden richtig interpretiert.
    • Die Masse wird exakt berechnet, zwecks Übersichtlichkeit aber nur als Massenzahl angezeigt.
    • Zeichen, die für eine reine Summenformel nicht erforderlich sind,werden ignoriert.
    • Fehler werden angezeigt, führen aber nicht zwangsweise zu einem Abbruch.
• von bis
  • Bitte schränkt den Bereich möglichst ein, damit der Server nicht zu sehr in die Knie geht!
  • ist das Feld leer, wird 0 angenommen, alle Werte bis "bis" werden durchprobiert.
    Achtung: Man kann bei "von" auch negative Werte angeben. Dann wird z.B. durchgerechnet, wie viele CH3-Gruppen abgegangen sind.
• Mehr a als b
  • trivial z.B. mehr H als C, mehr C als N, aber auch z.B. weniger t-But als "Träger" der t-But-Gruppe, das t-But wohl zuerst abgeht.
• skalieren auf
  • Ohne Eingabe wird einfach die prozentuale Verteilung angezeigt.
  • Skaliert wird sonst der höchste Peak z.B. auf 100(%) oder auf 34.5mm, wenn man den Peak im Spektrum einfach mit dem Lineal vermessen will...
• Genauigkeit
  • Isotopenmuster:
    • Alles unter 1% bezogen auf die Gesamtwahrscheinlichkeit eines Musters wird ausgeblendet.
      • z.B. bei O2 werden die 99,6% M+0 angezeigt, die übrigen 0,4% M+2 werden aber ausgeblendet.
    • Ich rechne mit Kombinations-Tabellen, denn schon für C₅₀ wären 2-hoch-50 Rechenschritte nötig (das sind eine Million mal 1,13 Milliarden!).
      • Der Wert Ges.-Abweichung ist vor allem eine Kontrolle für die Isotopen-Datenbank und den verwendeten Algorithmus. Falls er über 2% liegt, hat die Datenbank einen Fehler: ich bitte um Nachricht.
      • Kleinste Fehler ergeben sich ab 5 gleichen Atomen.
        Dies vor allem bei kleinen Peaks mit maximal 1% Abweichung nach unten!
        Heißt im schlimmsten Fall:
        • Ein Peak der Intensität von 1,9% würd mit nur 0,9% berechnet und nicht mehr angezeigt.
        • Ein Peak mit 2% würde nur zu 1% berechnet aber noch angezeigt
  • Masse:
    Gerechnet wird mit 32bit Genauigkeit, was bei sehr großen exakten Massen eventuell zu Problemen führt!

• Technik
  • Das Script ist in Perl geschrieben, verursacht kaum Traffic, aber verursacht viel Rechenzeit. Mal sehen, wann sich mein Provider beschwert. Und da es bei einem Provider liegt, kann ich auch keine Garantie für die Performance übernehmen.
    z.Zt. besteht es einfach aus 10 ineinandergeschachtelten for-next-Schleifen. Sehr unelegant, aber funktioniert... Vielleicht hat ja ein Informatiker mal Lust, den Code(Download) zu optimieren?!

• Dokumentation Isotopen-Muster-Rechner:
  • Rechen-Routine:
    • masse-isotope-routine.pl
  • gesamtes Script:
    • masse-isotope.pl
  • Isotopen-Datenbank:
    • isotopen3.txt

Daniel Pfeilsticker
Kontakt / Impressum / Disclaimer